17 жовтня 1483 року папа римський Сикст IV призначив особистого духівника королеви Ізабелли Кастильської Томаса Торквемаду «Головним інквізитором королівства Кастилія, міста і єпископства Барселона». На цій посаді він пробув до своєї смерті і за 15 років розробив систему органів інквізиції, процедуру її судів, через тортури яких пройшло близько 27 тисяч чоловік
Томас Торквемада народився у 1420 році поблизу Вальядоліда в родині євреїв-вихрестів і ще юнаком став ченцем у місцевому монастирі Святого Павла ордену домініканців, де його дядько Хуан Торквемада був пріором. Після завершення навчання в університеті Саламанки у 1452 році він був направлений у в монастир Санта-Крус-ла-Реаль в Сеговії, де завдяки своїм непересічним здібностям і протекції дядька, який на той час вже як кардинал керував однією із конгрегацій Римської курії, став пріором, а у 1474 році – одним із духівників інфанти Ізабелли I, що наступного року зайняла престол Кастилії і Леону. За порадою Торквемади вона одружилась із королем Арагону Фердинандом II, що заклало основи об'єднання Іспанії в єдину державу.
У 1477 році під час перебування Ізабелли I і Фердинанда II у Севільї настоятель місцевого домініканського монастиря Святого Павла Алонсо де Охеда (двоюрідний брат майбутнього конкістадора Алонсо де Охеди) зумів переконати монархів у небезпечності впливу євреїв-вихрестів, які таємно сповідують юдаїзм, на католицьку віру і необхідності боротись з ними та будь-якими проявами єресі. Присутній на зустрічі Томас Торквемада підтвердив поширеність юдейських практик серед андалузійських маранів і став одним із найближчих соратників Охеди, якому Ізабелла і Фердинанд доручили створити в Севільї відповідну інституцію для виявилення і знищення єресі серед новонавернених.
1 листопада 1478 року папа римський Сикст IV оприлюднив буллу «Exigit sincerae devotionis affectus», якою відродив діючу в XIII столітті у Франції інквізицію і проголосив створення в Кастилії «Трибуналу священної канцелярії» - власного релігійного суду, відомого як Іспанська інквізиція, покликаного забезпечити канонічність віри новонавернених, особливо євреїв та мусульман. 6 лютого 1481 року в Севільї було спалено живцем перших шістьох єретиків, виявлених Іспанською інквізицією. 21 лютого 1483 року на прохання Ізабелли I головним інквізитором Кастилії папа Сикст IV призначив Томаса Торквемадуа, який 17 жовтня став «Головним інквізитом королівства Кастилії, міста і єпископства Барселони».
На цій посаді Торквемада розгорнув активну діяльність – склав процедуру інквізиційного суду, правила його проведення і систему органів в різних провінціях, де вони діяли за підтримки 150 тисяч ченців-домініканців та 20 тисяч членів таємної поліції інквізиції, детальну інструкцію із 28 статей для виявлення різних проявів єресі, а також організував спеціальний трибунал з числа духовних та світських осіб, звітувати перед яким мали всі, незалежно від соціального стану.
У 1486 році повноваження Торквемади поширились на Валенсію та Каталонію, а в 1492 році, з падінням останньої мусульманської держави у Західній Європі і виданням Фердинандом та Ізабеллою видали т. зв. Альгамбрського едикту, - практично на всі іспанські Піренеї. Непримиренність та жорстокість Торквемади і переслідування будь-якого інакомислення, що спонукало його до нищення великої кількості книг і бібліотек, змусило папу Олександра VI під виглядом слабкого здоров'я Головного інквізитора призначити йому чотирьох заступників з числа єпископів, які очолили регіональні суди.
До своєї смерті 16 вересня 1498 року інквізиція Торквемади, як вважається, піддала тортурам близько 27 тисяч чоловік, спалила живцем близько 9 тисяч і примусила до публічного зречення поглядів понад 2 тисячі людей. Іспанська інквізиція, яка після 1502 року почала займатись переслідуванням і мусульман-вихрестів, стала зразком для італійських та французьких інквізиторів, у 1522 році поширилась у Нідерланди, в 1536-у - у Португалію та їхні колонії в Америці та Ост-Індії. Вона припинила свою діяльність лише 15 липня 1834 року, а останнє аутодафе було проведене у Валенсії вісім років перед тим. Трохи раніше інквізиція була ліквідована в Португалії, Франції і в Латинській Америці.
