В ніч з 20 на 21 грудня 1940 року в храмі під час проповіді енкаведисти арештували отця-редемпториста Зиновія Ковалика. Священик попав в «немилість» до радянської влади, адже у своїх проповідях не раз відкрито виступав проти всіляких виявів безбожництва, що їх чимраз більше поширювали більшовики.
Такі проповіді справляли сильне враження на слухачів, але водночас були дуже небезпечними для проповідника. Коли його застерігали, попереджували про небезпеку, отець Зенон мав лише одну відповідь:
«Якщо буде така Божа воля, то я радо прийму й смерть, але як проповідник не буду ніколи кривити душею».
Після арешту отця Ковалика утримували у львівській в'язниці. За час своєї шестимісячної неволі він відбув двадцять вісім тяжких допитів. Витримав нелюдські тортури, але не припиняв своєї апостольської діяльності, навіть в ув’язненні. В маленькій камері разом з отцем перебували 32 в'язні, з якими він кожного дня молився, проводив літургії, духовні науки та сповіді, розраджуючи та вселяючи надію.
В 1941 році німецькі війська почали наступ на Львів. Енкаведисти, не маючи змоги забрати в'язнів із собою і не бажаючи залишати їх на волі, почали розстріли. Отця Зенона їм було замало просто розстріляти – йому пригадали проповіді про розп'ятого Христа, а тоді на очах співв'язнів розіп'яли, прибивши до стіни тюремного коридору. Коли до Львова ввійшли німецькі війська, вони відчинили всі в'язниці для того, щоб прибрати гори трупів, які вже почали розкладатися. Як розповідають очевидці, найбільшим жахом для них був вигляд розп'ятого священика, в розпорений живіт якого кати засунули мертву недоношену дитину.
24 квітня 2001 року Святійший Отець Іван Павло ІІ підписав декрет про беатифікацію отця Зенона Ковалика як блаженного мученика за Христову Віру. А вже 27 червня 2001 року у Львові проголосив його блаженним.
Джерело: old.cssr.lviv.ua, Локальна Історія.