15 жовтня 1458 року в Римі унійний патріарх Константинополя Григорій ІІІ Мамма висвятив для українсько-білоруських єпархій Григорія Болгарина як митрополита Київського, усталивши цією хіротонією поділ митрополії на Київську і Московську юрисдикції.
По смерті у 1431 році митрополита-грека Фотія в Москві плекали надію обрати митрополитом свого кандидата - єпископа Рязанського Йону. Для цього слід було не лише направити його до Константинополя, але й продемонструвати, що за ним стоїть сильна державна влада, на яку імператорові та патріарху в Константинополі належить серйозно зважати. Оскільки великому князю Московському Василію ІІ Темному саме довелося її виборювати в міжусобній війні, звернення до Константинополя відкладалося. Велике князівство Литовське, на чиїй території знаходилася українсько-білоруська частина митрополії, теж було ареною боротьби - між двома великими князями-католиками Сигізмундом Кейсутовичем та Свидригайлом Ольгердовичем. Останній у своїй боротьбі опирався на «руську» (православну) партію і за його сприяння у Константинополі у 1433 році на митрополита Київського висвятили єпископа Смоленського Герасима. В охоплену усобицями Москву той не поїхав, а керував митрополією зі Смоленська, хоча одночасно з ним єпископ Йона з титулом «нареченного в святейшую митрополию Киевскую» фактично адміністрував частину митрополії у Москві та союзних з нею князівствах
У 1435 році Свидригайло віднайшов у Герасима листування зі своїм суперником Сигізмундом, заслав його до Вітебська і там митрополита спалив. Київська кафедра знову офіційно стала вакантною. Москва, заручившись згодою Сигізмунда і духовенства, наважилася делегувати до Константинополя Йону з проханням про поставлення. Однак, на місці з'ясувалося, що рязанський єпископ спізнився: в 1436 році на київську кафедру вже висвятили грека Ісидора і кандидат-невдаха повернувся до Москви, супроводжуючи нового митрополита «з надією стати його наступником».
Щойно з'явившись на своїй кафедрі у Москві, новообраний Київський митрополит відбув до Італії і згодом, вже у Флоренції, в 1439 році підписав унійний акт як «митрополит Київський і всієї Русі» та прокуратор (розпорядник) Антіохійського патріарха. Після Ферраро-Флорентійського собору папа Євгеній IV підняв його до кардинальської гідності й до Москви Ісидор повернувся будучи одночасно Київським митрополитом у юрисдикції патріарха Константинополя та апостольським легатом, підпорядкованим безпосередньо Римському понтифіку. Дорогою він видав офіційне послання у якому оприлюднив умови Флорентійського собору, особливо підкресливши засвідчену його постановами рівноправність східного і західного обрядів. 5 лютого 1441 року Ісидор проголосив Акт Флорентійської унії у соборі Святої Софії у Києві, а 19 березня в Успенському соборі в Москві відправив літургію, де спом'янув Римського папу. Вже за кілька днів за наказом великого князя Ісидора ув'язнили у Чýдовому монастирі й після відмови зректися унії згодом засудили як єретика собором єпископів шести північно-східних єпархій. Серед присутніх на «московському соборі» був єпископ Суздальський, що разом з Ісидором підписував Ферраро-Флорентійський акт, але не приїхали єпископ Новгорода, поставлений 1434 року Ісидором, та єпископ Твері, теж ситуативний прихильник унії.
За кілька місяців Ісидор утік з ув'язнення та майже півроку просидів у резиденції Бориса, князя Твері, під домашнім арештом. Вочевидь, останньому не заважало уніатство митрополита доки була надія скористатися Ісидором в планах імперського піднесення Твері, повернувши його на кафедру у Москву як союзника. До весни 1442 року поставлення Йони митрополитом Київським Москва та Твер узгодили і Борис Олександрович, знаючи, що Великий князь литовський Казимир Ягайлович у цей період не підтримував Флорентійську унію й не мав власної церковно-політичної програми, дозволив Ісидору залишити свої володіння, і той через Литву відбув до Риму, звідти - до Константинополя, де 12 грудня 1452 року в соборі Святої Софії урочисто проголосив Флорентійську унію.
Однак одразу обрати на київську кафедру Йону та зберегти за ним контроль над усією митрополією завадили стихійні лиха та політичні обставини. Кілька років минули у війнах з татарами та Литвою, усобицях у самій Москві, боротьбою за першість з князем Твері. У 1441 році Василій ІІ встиг лише відіслати листа до Константинопольського патріарха з виправданнями за вигнання митрополита Ісидора. Свої дії князь пояснив «латинством» Ісидора, хоча патріарх Митрофан ІІ був очільником всіх грецьких уніатів після Флорентійського собору. Обґрунтовуючи поставлення Йони складністю комунікації з Константинополем через ворожі нашестя та усобиці, висловивши певну образу за попередній невдалий візит Йони, московський князь жодним словом не прохопився про неприйняття унії. Навпаки, князівське послання скидалося на мовчазний шантаж: ви визнаєте нашого кандидата і виняткові обставини його обрання, а ми зі свого боку, визнаючи патріаршу юрисдикцію, приймаємо унію. У Константинополі вирішили вичекати й не відповіли, а Василій ІІ повернувся до церковних справ аж після чергового утвердження на Московському престолі.
На кафедру Київського митрополита Йону обрали 5 грудня1448 року собором архієреїв північно-східних єпархій і до січня 1451 року велась дипломатична боротьба за його визнання світською владою Великого князівства Литовського, але жодних заяв про неприйняття унії московський князь не робив. Спираючись на визнання Йони з боку Литви, у липні 1452 року, Василій ІІ Темний у спеціальному посланні вдався до виправдання перед імператором Візантії нової практики вибору митрополита. Як і в 1441-у, він обійшов питання прийняття Флорентійської унії імператором і патріархом, підкреслив незмінність усталеного порядку стосунків між Київською митрополією та Константинополем, просив про церковне та імператорське визнання Йони як про виняток і виправдовував його поставлення «нуждою» та ніби поданою тому надією ще 1436 року - патріархом та імператором - стати наступником Ісидора у випадку смерті останнього, або «иначея что о нем будет» (хоча за канонами архієрея на кафедру обирають довічно).
Патріарх Йону офіційно не визнав, але й не відмовився це зробити. Імператорові Костянтину XI Палеологу для визнання Йони потрібен був патріарх і Собор, хоча б з тих єпископів, що постійно мали перебувати при ньому. Ані того, ані іншого в Константинополі не було, а після його падіння 29 травня 1453 року унія втратила один з автономних центрів церковної влади. Протидіючи об'єднанню християн, у 1454 році султан Мехмед ІІ Завойовник поставив патріархом очільника антиуніатської партії ченця Геннадія Схоларія й того ж року відбувся обмін грамотами між ним та митрополитом Йоною, що засвідчив, по-перше, визнання постфактум Йони як митрополита у юрисдикції Константинополя і, по-друге, вихід з Флорентійської унії де-юре.
Натомість у Римі унію вважали чинною. 3 вересня 1458 рокупапа Пій ІІ за згодою патріарха Константинополя Григорія ІІІ Мамми призначив учня митрополита Ісидора Григорія (Болгарина) главою Руської церкви, архієпископом «Київським, Литовським і tota Russia inferior (всієї внутрішньої Русі - Т.Є.)»[1], пристосувавши у такий спосіб церковну юрисдикцію до існуючих русько-московських етнічних кордонів. 15 жовтня 1458 року Григорій ІІІ висвятив його як митрополита Київського для українсько-білоруської частини митрополії (для шести діоцезій у Литві і трьох у Польщі). Цього ж року Григорій Болгарин прибув до Великого князівства Литовського і оселився у місті Новогрудок (нині - у Гродненській області Білорусі), яке стало офіційною резиденцією митрополитів Київських до Берестейської унії1596 року, після якої православну кафедру відновили у 1620 році у Києві.
18 грудня 1458 року папа зобов'язав короля Казимира IV Ягеллончика не допускати, щоби «син зла і погуби» митрополит Йона чи «нечестивий патріарх Царгородський, призначений володарем турків», втручалися у справи руських єпархій. Зі свого боку Йона безуспішно намагався поширити свою владу на єпархії у Великому князівстві Литовському через визнання руських єпископів та шляхти. За активної підтримки польського короля українсько-білоруська ієрархія визнала юрисдикцію митрополита Григорія, а митрополит Ісидор у 1459 році на його користь відмовився від своєї - північно-східної - частини митрополії. Казимир IV спорядив до Великого князя Московського Василія ІІ дипломатичну місію з пропозицією прийняти Григорія Болгарина митрополитом, але отримав відмову.
По смерті Йони в 1461 році його наступник Феодосій став уживати скорочений титул - «митрополит усієї Русі» (без «Київський»), остаточно змирившись з втратою українських та білоруських єпархій. Але ще за життя Василія ІІ між 1461 та 1462 роками з'явився твір офіційної ідеології «Слово на латиню», де був застосований символізм апостольського переємства стосовно особи Василія Темного, концептуалізувалася імперська ідея «Москви - Третього Риму» та робилися висновки про правомірність самостійного поставлення митрополита у Москві не лише у випадку Йони, але і й обраного ним наступника - Феодосія.
14 лютого 1467 року Вселенський патріарх Діонісій, відповідаючи на послання митрополита Григорія Болгарина, пробачив прийняття унії, підтвердив його титул як «митрополита Київського і всієї Русі» разом із Москвою та заборонив нав'язувати стосунки з Йоною (не знаючи, що той давно помер). Таким чином, Феодосій та його наступники офіційно отримали статус розкольників. За підтримки патріарха та Великого князя Литовського Казимира митрополит Григорій висунув претензії на східні єпархії і до Москви відрядили спеціального посланця. Прийняти це посольство князь Іван ІІІ Васильович відмовився, а в листі до єпископа бунтівного Новгорода вперше обґрунтував своє право відмовити прийняти митрополита, призначеного навіть православним патріархом Константинополя, бо там «православие разрушилось». Того ж 1467 року Іван ІІІ скликав зібрання залежних від нього єпископів північно-східних єпархій (за винятком Новгородського владики) і розрив з Константинополем затвердив остаточно. В розколі Московська митрополія перебувала до 1589 року, коли Єрусалимського патріарха Єремію ІІ (Траноса) змусили піднести митрополита Філарета (Романова) до патріаршої гідності, а пізніші Собори у Константинополі його статус підтвердили.
З Київською митрополією, що обіймала українсько-білоруські терени Литви та Польщі, Москва не мала жодного ані євхаристійного (молитовного), ані листовного спілкування до 1619 року. Вихідців з її теренів на Москві вдруге хрестили, як єретиків. У 1686 році за гетьманування Івана Самойловича Київську митрополію всупереч канонам підпорядкували Московському патріарху.
